Karl Knutsson (Bonde) föddes 1408 eller 1409, enligt en uppgift från den sentida historikern Johannes Magnus skedde födseln i Finland. Hans föräldrar var riddaren Knut Bonde och Margareta Karlsdotter (Sparre av Tofta), båda två tillhörde inflytelserika svenska frälsesläkter. Karl Knutssons morfar Karl Ulfsson hade varit rikets marsk 1364-1371 och hövitsman på Viborg under 1380- och 1390-talen innan han dog 1407. Karl Knutssons farfar Tord Bonde hade från 1378 varit fogde på Raseborg i Finland, i början av 1400-talet hade han förfogat över Åbo och från 1403 till sin död 1417 var han hövitsman på Viborg. Fadern Knut Bondes karriär var inte lika bemärkt eftersom han dog tidigt, väpnare 1403, riddare 1408 och år 1411 var han en av kung Erik av Pommerns löftesmän vid stilleståndet vid Kolding. Efter denna händelse avled han vid ett okänt tillfälle, hans begravning ägde rum den 26 mars 1413. Modern gifte 1414 om sig med den uppländske frälsemannen Sten Turesson (Bielke) som blev Karl Knutssons fadersfigur under uppväxttiden.

Kanske var det på grund av att han fostrades av sin styvfar Sten Turesson som Karl Knutsson vanligen inte använde sitt släktnamn Bonde. Denna ätt tros härstamma från Småland och är en av Sveriges allra äldsta inhemska frälseätter. Den äldste kände medlemmen kan vara Torer Bonde som levde i slutet på 1200-talet. Säker kunskap har vi dock inte förrän i början av 1300-talet då ätten redan hade delats i två grenar av bröderna Tord Bonde och Erengisle Petersson. Den förstnämnde hade sina gods koncentrerade till Östergötland medan den andre var knuten till Uppvidinge härad i Värend. Deras far kan ha varit den småländske frälsemannen Peter Öjarsson. Den småländska grenen av ätten Bonde skulle inte få någon större betydelse förrän under stormaktstiden medan den östgötska grenen av ätten vann redan med Tord Bonde inträde i riksrådet. Tords sonson Tord Röreksson Bonde var Karl Knutssons farfar.

Styvfadern Sten Turesson (Bielke) ägde Viks, Örby och Ekholmens gårdar i Uppland och var också hövitsman på den kungliga borgen Piksborg i västra Småland. Hans äktenskap med Margareta Karlsdotter innebar att han från och med 1419 även kontrollerade det betydelsefulla godset Fågelvik som var beläget i det nordöstligaste hörnet av Småland. Några politiska ambitioner går dock inte att spåra hos honom. Karl Knutssons anknytning till ätten Bielke stärktes genom att han fick fem halvsyskon och att han 1428 gifte sig med styvfaderns kusinbarn Birgitta Turesdotter (Bielke). Dessförinnan hade han förmodligen delvis deltagit i Erik Av Pommerns pilgrimsfärd till Jerusalem 1423-1425 och besökt Bayern, Ungern, Polen, Österrike, Rhen(-Pfalz) Meissen, Sachsen och flera andra länder samt lärt sig flera språk. Han ska också under sin ungdomstid ha deltagit i strider, allt detta enligt Karlskrönikan som skrevs på Karl Knutssons uppdrag på 1450-talet. Troligen var det under Erik av Pommerns krig mot de holsteinska grevarna över Slesvig 1410-1435 som Karl Knutsson fick sina stridserfarenheter. Karl Knutssons ungdomstid slutade när hans moder dog 1429 och därigenom fick godset Fågelvik i arv. Därefter var han känd som "Karll Knutsson aff Foglewike" och var en mycket förmögen frälseman. Utöver Fågelvik kom han även i besittning Hasselö och Sladö i Tjusts skärgård samt Tullgarns gård i Södermanland och Odensvi i Närke. Eventuellt innehade han även posten som häradshävding i Äkers härad i Södermanland 1435.

Styvfadern dog 1431 och Karl Knutssons hustru Birgitta dog redan 1436. De fick minst två barn tillsammans varav den ene var en son vid namn Ture som dog tidigt. Dottern Kristina blev 1446 gift med den danske frälsemannen Erik Eriksson (Gyllenstierna) som skulle bli en av Karl Knutssons närmaste män under sin tid som kung. Men innan dess hade Karl Knutsson 1438 gift om sig med Katarina Karlsdotter (Gumsehuvud) och med henne fick han fyra söner och fem döttrar. När Katarina dog 1450 var dock endast fyra av döttrarna vid liv, nämligen Birgitta, Magdalena, Rikissa och Margareta. Dottern Birgitta blev endast åtta år gammal nunna i Vadstena Kloster 1454, detta skedde i strid med klosterreglerna som stadgade att man måste ha fyllt arton år för att kunna bli nunna, men Karl Knutsson lyckades få dispens från påven. Birgitta dog 1469 och hon och alla hennes systrar utom Magdalena skulle dö före fadern. Magdalena gifte sig 1466 med Ivar Axelsson (Tott) och hennes fader slöt därigenom en allians med en mycket mäktig släktgrupp och banade därmed väg för sin tredje period som kung. Själva äktenskapet blev emellertid barnlöst.

I sitt privatliv fick Karl Knutsson uppleva många bedrövelser. Han blev änkling två gånger och av de minst elva barn som han fick med sina två första fruar överlevde bara två döttrar honom. Under sin vistelse i Finland på 1460-talet inledde han ett förhållande med Kristina Abrahamsdotter och fick en son vid namn Karl med henne. På sin dödsbädd i maj 1470 gifte han sig med henne och legitimerade därmed sonen som han förmodligen hoppades få som efterträdare. Detta ogillades av hans svärsöner som själva hade hoppats på att efterträda honom som kung och ärva hans egendomar. Sten Sture den äldre som var son till Karl Knutssons halvsyster Birgitta Stensdotter (Bielke) hade utsetts till testamentsexekutor och såg till att bli vald till riksföreståndare. För att säkra sin maktställning var han tvungen att ogiltigförklara Karl Knutssons äktenskap med Kristina och göra sonen Karl arvlös. Karl Knutssons systersonen Sten Sture blev därmed hans politiske arvtagare medan svärsönerna Erik Eriksson (Gyllenstierna) och Ivar Axelsson (Tottt) fördelade hans dödsbo. Sten Sture lyckades dock gömma undan en del av Karl Knutssons kvarlåtenskap åt den lille Karl Karlsson, om detta vittnar en händelse från 1488 som också är det enda belägget på Karls existens efter faderns död. Med Karl Karlsson dör Karl Knutssons gren av ätten Bonde ut. Genom dottern Kristina fick han dock många ättlingar, alla medlemmar av den svenska grenen av ätten Gyllenstierna härstammar från honom. Den mest kända är hans dotters barnbarn Kristina Gyllenstierna som var gift med riksföreståndaren Sten Sture den yngre.

Av Karl Knutssons övriga släktingar kan nämnas hans farbror Karl Bonde som 1435 utnämndes till hövitsman på Kastelholm på Åland och 1437-1441 innehade Raseborgs slottslän i Finland. Han var lojal till Erik av Pommern och tillhörde Karl Knutssons fiender ända till sin död någon gång mellan 1443 och 1446. Hans son Tord Bonde hade ett bättre förhållande till Karl Knutsson och tjänade sin kusin väl under kriget mot Danmark. Tord Bondes framgångar ledde till att han utnämndes till marsk och blev en svensk nationalhjälte innan han svekfullt mördades av en dansk i hans tjänst 1456. Tord Bondes bror Bo Djure vistades under 1450-talet i Italien men var under 1460-talets inbördesstrider en lika lojal anhängare till Karl Knutsson som Tord hade varit, vilket ledde till att han blev bannlyst av ärkebiskop Jöns Bengtsson (Oxenstierna). Dessvärre dog Bo Djure av pesten 1465. Ännu en namnkunnig anhängare till Karl Knutsson var Nils Sture som var gift med Karl Knutssons kusin (Bo och Tords syster) Birgitta Bonde. Även Nils Sture gjorde stora insatser för Karl Knutsson, främst som ledare för Dalarnas bondeuppbåd. Hans son och sonson Svante Nilsson och Sten Sture den yngre skulle sedermera bli riksföreståndare.

Karl Knutssons halvsyster Birgitta Stensdotter (Bielke) hade gift sig med Gustav Sture och fått sönerna Sten Sture den äldre, Anund Sture samt dottern Birgitta. Denna dotter gifte sig med Johan Kristersson (Vasa) vilket var en äktenskapsallians som skulle få stor betydelse för framtiden. Johan Kristerssons far hade varit en av Karl Knutssons bittraste fiender och ätten Vasa utgjorde tillsammans med ätten Oxenstierna den hårda kärnan i den adelsopposition som ständigt utmanade Karl Knutsson. Johan Kristersson anslöt sig däremot till Karl Knutssons sida och blev farfar till ingen mindre än Gustav Vasa.

Vad denna uppräkning av Karl Knutssons släktnätverk visar är vilken stor betydelse han hade för framväxten av den svenska nationalstaten. Utan honom hade inte den släktgruppering som bekämpade Kalmarunionen bestående av riksföreståndarna Sten Sture den äldre, Svante Nilsson, Sten Sture den yngre och Gustav Vasa uppstått.